Il porto si sviluppa su quasi 6800 metri quadri ancora perfettamente praticabili, vero esempio di ingegneria marittima, scavato nella roccia rimuovendo qualcosa come 60.000 metri cubi di tufo. Disposto secondo la direttrice Nord – Sud, con imboccatura rivolta ad est, offre un esemplare ridosso a tutti i venti, ad eccezione del levante, che provoca una leggera risacca. Ma i romani pensarono anche a questo, realizzando sul lato Nord del bacino un’apertura di comunicazione con il mare aperto, pure concepita per evitare l’insabbiamento, dissennatamente ostruita all’inizio di questo secolo. All’ingresso dell’imboccatura fu ricavato nel tufo un ulteriore insenatura semicircolare adibita a bacino di alaggio che, accogliendo i marosi scavati dal levante, si rivelò peraltro in grado di attenuare l’effetto risacca all’interno dell’approdo vero e proprio. Il porto era servito da almeno 3 condotte sotterranee, entro cui confluiva l’acqua proveniente dalle cisterne realizzate all’interno dell’isola. Molto spettacolare è la porzione del porto addossata alla terraferma, caratterizzata da una successione di arcate intagliate nel banco roccioso, erose nei secoli dal vento e dalla salsedine. Alle spalle del portico si aprono numerosi vani magazzino scavati nel vivo del tufo, più volte restaurati, attualmente ancora utilizzati dagli abitanti dell’isola per le varie attività legate alla pesca, come la riparazione delle reti. Il molo che guarda a mare, periodicamente esposto alla furia implacabile del moto ondoso è, come intuibile, la parte che ha subito le lesioni più evidenti. E’ stato di conseguenza necessario intervenire a più riprese nel corso dei secoli, rafforzando e rialzando la struttura. Passeggiando lungo la banchina, si possono ancora osservate numerose bitte di ormeggio ricavate nel tufo, presumibilmente anch’esse di epoca romana.

Il porto doveva essere utilizzato principalmente da navi onerarie di piccola e media stazza, in grado di assicurare regolarmente, salvo eccezionali avverse condizioni meteorologiche, i rifornimenti ed il periodico collegamento con la terraferma agli abitanti dell'isola. In caso di necessità il porto costituiva un valido ricovero anche per imbarcazioni di maggiori dimensioni fino a 30/35 m. di lunghezza. Dato che le navi da carico utilizzavano esclusivamente la vela quadra e non i remi, è probabile che le grandi bitte, ancor oggi visibili all'imboccatura del porto, servissero, oltre che a sbarrare l'accesso con l'aiuto di catene, anche a facilitare l'ingresso delle navi in caso di necessità, grazie all'ausilio di cime da traino a terra.